n documento scritto nel 1141 diceva che la chiesa di San Pietro in Carpignano apparteneva al monastero di San Pietro di Castelletto che era legato all'ordine di Cluny.
Questo documento stabiliva che San Pietro di Carpignano doveva pagare una tassa di tre soldi di vecchia moneta milanese per ottenere la protezione del Papa e per potersi eleggere il proprio abate.
San Pietro di Castelletto controllava gran parte della vita economica e religiosa di Carpignano.
Il priore di Castelletto poteva nominare i sacerdoti delle chiese che dipendevano da lui. Questi dovevano, poi, presentarsi al vescovo perché solo con il suo riconoscimento potevano "curare le anime".
Dal priore di San Pietro di Castelletto dipendevano anche altre chiese del luogo: Santa Maria de Olgieto e Sant'Agata de Messa. Entrambe le chiese si trovavano lungo vie di comunicazione molto importanti: Santa Maria si trovava lungo la Biandrina che da Biandrate raggiungeva Romagnano e il Monte Rosa; la chiesa di Sant'Agata si trovava sulla strada che univa Carpignano ai guadi della Sesia, verso Vercelli e San Pietro di Castelletto.
Il monastero di Castelletto entrò presto in crisi: già nel 1095 si chiese di rimuovere il priore che a causa della sua ferocia aveva alimentato discordie e l'allontanamento dei fedeli;
nel secolo successivo le guerre, che si combattevano quasi incessantemente, avevano ridotto il monastero in condizioni disastrose; alla cattiva amministrazione economica del priore era seguita l'ipoteca di tutti i territori di Castelletto.
Anche San Pietro di Carpignano, che dipendeva da Castelletto, aveva seguito la stessa crisi.
Solo nel 1245 al monastero di Castelletto, e di conseguenza anche a Carpignano, vennero destinate delle somme di denaro per i monaci e degli aiuti alimentari per i poveri del villaggio.
Nel 1328 il priore e i monaci di Castelletto preoccupati dalle guerre in corso si trasferirono a S. Pietro di Carpignano poiché questi edifici erano stati costruiti all'interno del castrum e quindi erano più sicuri e meglio difesi.
A questo scopo vennero restaurati gli edifici religiosi e nel 1330 vennero spesi più di 200 fiorini.
Dopo alcuni anni di relativa tranquillità, la situazione peggiorò ancora a causa delle guerre per il possesso del territorio novarese. Le cronache di quel tempo raccontano che il castello di Carpignano venne distrutto ma gli edifici del monastero vennero risparmiati.
Questo avvenimento, assieme alle epidemie che avevano decimato la popolazione, aveva iniziato la definitiva decadenza del monastero.